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O presente trabalho teve por objetivo avaliar a microbiota subgingival pela técnica de Checkerboard e o perfil de citocinas por imunoensaio com princípio sanduíche baseado na tecnologia fluxometria do fluido gengival e soro em indivíduos não obesos; e em indivíduos com obesidade, antes e após cirurgia bariátrica. Diferenças na microbiota bucal foram observadas entre não obesos e obesos para 19 espécies bacterianas, particularmente E. corrodens que apresentou diferenças significativas em obesos, com consequente redução após a perda de peso. As citocinas IL-1b, IL-6, IL-10, IL-13, IL-17, TNF-a, leptina e adiponectina apresentaram diferenças estatisticamente significantes (p